Carl heiratete Louisa Dorothea BALTRUSCH am 31 Jan 1782 (X Eheschließung) in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen. Louisa (tochter von Johann Christoph BALTRUSCH und Anna Marie MASUHR) wurde geboren in ca 1758; gestorben am 12 Mrz 1794 in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen. [Familienblatt] [Familientafel]

1. Euphrosina Florentina NAUNYN wurde geboren am 12 Mai 1782 in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen; getauft am 20 Mai 1782 in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen.
2. Agatha Rosina NAUNYN wurde geboren am 22 Mrz 1784 in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen; getauft am 29 Mrz 1784 in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen.
3. Johanna Carolina Rebecca NAUNYN wurde geboren am 25 Jun 1786 in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen; getauft am 30 Jun 1786 in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen; gestorben am 20 Jun 1787 in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen.
4. Carl Friedrich NAUNYN wurde geboren am 20 Mrz 1788 in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen; getauft am 28 Mrz 1788 in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen.
5. Johann Hiob Willhelm NAUNYN wurde geboren am 10 Okt 1790 in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen; getauft am 19 Okt 1790 in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen.

Carl heiratete Dorothea Juliana NEUMANN am 08 Okt 1794 (X Eheschließung) in Mühling, Gerdauen, Ostpreußen,. [Familienblatt] [Familientafel]

1. Fridrich Ludwig Wilhelm NAUNYN wurde geboren in Aug 1795 in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen; gestorben am 06 Okt 1796 in Drengfurth, Rastenburg, Ostpreußen.